RECOMMENDED PATH
新实验从这里开始
- 1先查模板
搜索相近细胞、目的 marker 和仪器，避免重复建模板。
- 2核对抗体与仪器
确认货号、克隆、反应物种、荧光素和 detector。
- 3生成实验与 control 方案
补齐 unstained、single stain、FMO 与生物学对照。
- 4上机、分析并沉淀经验
保留 FCS、模板版本、异常记录和最终门策略。
CYTOPILOT · INTELLIGENT FLOW CYTOMETRY ANALYSIS AGENT
让每一次流式实验，都有一位懂模板、会导航的智能副驾驶
模板驱动的智能流式细胞分析平台。 从 panel 设计、controls、模板复用到 FCS/WSP 分析，为实验人员提供可追溯的全流程导航。
01定义问题细胞 · marker · 分组
02匹配 Panel抗体 · 荧光 · 通道
03生成方案controls · 收集 · gates
THE NAME
为什么叫 CytoPilot？
它不是替代实验人员做决定，而是用模板、证据和审核机制陪伴每一次实验流程。
CYTO细胞与流式科学
代表 cytometry 的实验对象、数据和专业知识。
PILOT导航、协作与护航
在设计、上机、圈门和复核节点给出方向与风险提醒。
LAB OVERVIEW
正在读取资料库…
实验室资料概况
TEMPLATES
可用模板
正在载入…
EXPERIMENT WORKSPACES
下载空白 Word 模板
实验设计
先创建或选择一个实验，再进入 Panel 设计与最终方案。草稿、当前步骤和最终记录均按实验独立保存。
EXPERIMENT COPILOT
实验设计助手
先使用 CytoPilot Panel Design Skill 生成可调整的抗体与荧光 Panel；确认 Panel 后，再生成、保存和导出最终流式实验方案。
Panel Design Skill 设计说明查看抗体筛选、荧光分配和验证规则⌄
仅使用已审核记录，按 marker 别名和物种反应性匹配；“已审核”不代表实物有库存
低表达和关键 marker 优先分配较亮、分离较好的荧光；同一 detector 不允许重复占用
惩罚光谱相邻、donor/tandem 和共表达 marker 的高风险组合，并列出补偿复核对
先按仪器空闲 detector 推荐荧光规格，再优先链接 Example Vendor 官方目录查找候选产品
流式规划基础依据固定的内置方法学参考
确认前必须验证
- 具体克隆、货号、物种反应性及固定/透化兼容性
- 每个荧光的匹配单染、实测补偿矩阵与 spreading error
- 关键或低表达门所需的 FMO、抗体滴定和本机 stain index
- tandem dye 的批次、处理条件和避光稳定性
Example Vendor 搜索结果属于 external_candidate_unverified，人工核对并录入审核前不视为库内抗体或库存
正在核对 Skill 与指南版本…
✦
先生成并确认推荐 Panel
填写左侧信息后，系统会解释 marker、抗体、荧光素和 detector 的推荐逻辑。您可调整每一项，确认后再生成最终实验方案。
CytoPilot 可能出错。请检查重要信息。
PERSONAL DESIGN HISTORY
我的实验设计记录
个人保存记录不会进入管理员审核队列；只有以后主动发布为公共模板时才需要审核。
REAGENT DIRECTORY
抗体与染料库
按 marker、克隆、反应物种、荧光素、通道和厂商货号管理，不跟踪实物库存。
FLUORESCENCE SPECTRA
参考 External SpectraViewer ↗
荧光光谱组合预览
叠加比较荧光素的激发/发射曲线，并结合仪器激光与 detector 滤光片检查组合。
激发发射激光Detector
下拉列表包含合成资料库条目与通用参考荧光素；“仅光谱参考”不代表实验室现有或已验证兼容。当前曲线是未经逐项来源登记的归一化近似图，只能用于 panel 预设计；不能替代厂商原始光谱、抗体滴定、单染对照或实际补偿矩阵。
支持同义词、轻度拼写容错和字段查询，例如 clone:Clone-B、catalog:DEMO-B、owner:Demo、template:SYN-TEMPLATE。
| Marker / 类型 | 荧光素 | Detector | 克隆 / 货号 | 反应物种 | 负责人 | 匹配模板 | 状态 | 操作 |
|---|
INSTRUMENT DIRECTORY
仪器信息
查询光路、detector、常用荧光素、软件和使用注意事项，并打开对应仪器的教学主题。
TEMPLATE LIBRARY
模板中心
HWS 用于 Acquisition Software 上机采集；WSP 用于对 FCS 数据进行 FlowJo/CytoPilot 分析，两类模板分别管理。
TRACEABLE KNOWLEDGE
问题与知识库
搜索实验室历史问题、官方文档和同行评议资料；每个结论保留来源。
EVIDENCE-GROUNDED AI
STATIC DEMO · AI 未连接
向 CytoPilot AI 现场提问
可以询问 CytoPilot 操作、Skill、实验设计与分析问题。AI 依次匹配系统指南和实验室已审核知识；两者都没有匹配时自动检索外部文献，并列出采用的原始来源。
可以询问软件登录、资料提交、模板上传、实验设计、Skill、Gate Editor、结果导出，也可以询问 panel、补偿、FMO、圈门、FlowJo/WSP 或仪器使用问题。回答会标注依据，关键实验决策仍需人工复核。
静态演示不会读取或上传 FCS、WSP、HWS、本地文件或检索词，也不会连接任何 AI、文献数据库或其他外部服务。
CYTOPILOT GUIDES
软件使用说明与 Skill 指南
以下内容随 CytoPilot 版本维护，可直接查看，也会作为现场提问的首层依据。
APPROVED LIBRARY
浏览已审核知识
SKILL-GOVERNED DETERMINISTIC ANALYSIS
FCS / WSP 分析
由 CytoPilot Flow Cytometry Analysis Skill 约束分析模式、计算验证和版本追踪。
正在确认 Skill…指南同步检查中原始文件受保护
ANALYSIS WORKSPACES
实验数据分析
每个实验都可以按需使用数据检查、WSP 分析复现和模板分析 / Gate Editor；三个模块互相独立，不要求全部完成，并分别保存最近进度。
Flow Analysis Skill 设计说明查看分析模式、补偿与圈门算法、验证边界和指南同步规则⌄
START HERE
Skill 约束流程
先选择分析模式，再按验证规则执行
CytoPilot 不会修改原始 FCS 或原始 WSP；Gate Editor 始终另存新版本。第一次使用建议先做数据检查，再选择 WSP 分析复现或模板复用。
区分数据检查、原 WSP 分析复现、可复用 WSP 和 JSON template；不同模式使用不同的绑定、cache 与验证规则。
读取 FCS/WSP metadata、唯一绑定样本并按模式选择补偿矩阵；不使用光谱估计代替实测补偿，也不截断负值。
只执行已实现的 rectangle 与二维 polygon；子门始终与 parent mask 相交，并明确 count、% parent 和 % total 的分母。
自动检查结构、算术、绑定、补偿和 cache；Gate Edit 永远另存 draft 新 WSP，计算通过后仍需 controls、back-gating 与生物学复核。
运行前必须确认
- 当前任务属于哪一种分析模式，原始样品还是新样品
- FCS/WSP 绑定、required channels 与补偿来源是否兼容
- 关键 gate 是否有 negative、single-stain、FMO 和 back-gating 依据
VALIDATED只表示计算规则通过，不表示生物学批准
WSP transform 当前仅解析用于展示，不参与 membership 的数值变换；不支持的 gate 或算法必须明确拒绝或进入人工流程。
正在核对 Skill 与指南版本…
先认识四种文件
- FCS
- 包含逐事件数据和仪器 metadata，是分析的原始数据。
- WSP
- FlowJo workspace，保存样本引用、变换、补偿和 gate tree。
- HWT
- Acquisition Software 单管模板，保存采集参数、图和门，不含粒子数据。
- HWS
- Acquisition Software 实验模板，适用于相同通道配置的实验复用。
推荐操作顺序
- 1备份原始 FCS 与 WSP，不在原文件上覆盖。
- 2扫描 FCS，确认文件数、仪器和 panel 分组。
- 3检查 WSP 绑定与 gate tree，处理失效路径。
- 4重放后核对 count difference，不一致时人工复核。
- 5导出结果并记录模板版本、调整原因和审核人。
EXPERIMENT RECORDS & VERSIONS
本实验的记录与版本
本实验产生的数据检查、WSP 重放、模板复用、Gate Edit、验证结论和结果包统一归档在这里。
1 选择 FCS 文件2 上传并扫描 metadata3 核对 panel 分组
LOCAL FCS FILES
从本机选择 FCS 文件
可以一次选择一个或多个文件；在文件窗口中按 Ctrl 或 Shift 多选。
尚未选择文件
选择后点击“上传并扫描 panel”。文件会分块保存到 CytoPilot 托管区，不修改本机原文件。
1 选择 WSP 与 FCS2 检查绑定3 选择 Gate tree4 重放并导出
可同时上传一个或多个 WSP 与一批 FCS。多个 WSP 共用本次 FCS 池，但会分别检查、重放、验证并保存独立结果包；不会合并不同 WSP 的 gate tree。若缺少样本，可继续追加遗漏的 FCS。
默认输出到 C:\CytoPilot-Demo-Output，每次分析建立独立结果包；不会覆盖原始 FCS 或 WSP。旧路径失效时按文件名与 metadata 重新绑定，补偿只应用一次。
FLOWJO-LIKE COLUMN EXPORT
选择要导出的 Gate、指标与 Percentage 分母
Count 与 Percentage 独立勾选；Percentage 可按 Parent、Grandparent、Total 或指定祖先门计算。Excel 只生成明确选择的列。
1 选择 WSP 来源2 上传新 FCS3 应用 Gate tree 并自动验证4 查看与导出
REUSABLE WORKSPACE
选择 WSP，再分析新的 FCS
WSP 可来自分析复现记录、新上传文件或模板库。系统会读取其中的 Gate tree，并在通道与补偿兼容性检查通过后应用到新的 FCS。新文件名不需要出现在原 WSP 中；调整圈门始终另存新版本。
尚未选择 WSP
尚未选择新 FCS
INTERACTIVE VERSIONED PREVIEW
选择一个 gate
从左侧选择 gate 后显示父群体事件与圈门边界
FLOWJO-LIKE COLUMN EXPORT
圈门统计导出
Count 与 Percentage 独立选择；Percentage 可使用 Parent、Grandparent、Total 或指定祖先 Gate 作为分母。
ADMIN GOVERNANCE
管理员
审核与系统设置
只有管理员可以批准资料、创建实验室账号和修改默认输出目录；所有操作写入审计日志。
REVIEW QUEUE
待审核资料
首页只显示等待管理员处理的项目；审核通过、退回或归档后会移入历史记录。
创建实验室账号
文件与迁移
导出实验室内容迁移包迁移包包含资料库、托管 WSP、仪器原始资料和产品说明，不包含账号密码或 AI key。
最近操作
REVIEW HISTORY
审核历史记录
集中查看已经通过、被退回和已归档的资料；这些项目不会再次出现在待审核首页。
CYTOMETRY ARCADE · PROTOTYPE 01
等待上机，也能顺手练一点流式。
10 个两三分钟一局的轻量小游戏。先玩，再决定哪些值得正式接入 CytoPilot。
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